第五首哀歌主題是耶路撒冷的禱告。雖然與前面幾章一樣，是由二十二節組成，卻不是「離合詩體」。它較像禱告而非哀歌，內容是求神記念他們的苦境。這裏所形容的事例，應該是指耶路撒冷陷落後的情景。
這首哀歌也可以稱為「集體哀歌」（如詩四十四，七十四，七十九等），因為它把第三章及第四章上半部原先個人（錫安以「我」代替）的強調，轉為集體（用「我們」）的哀求。

1.錫安受鞭打（1-18節）
本段是錫安居民集體向神的禱告，求神記念他們的苦境（1節）。
從人民的憶述中，我們可以想像他們痛悔的心。這裏形容的苦難實在很大，如果我們是那時的錫安居民，不知會有何感受？幸好錫安居民也知道降災禍的神同樣也是憐恤的神，所以他們向神祈禱及申訴苦難，期望祂施恩。

以色列人引以為傲的產業（利二十24）已然荒蕪，被外邦人的軍隊所佔據；耶路撒冷不再是屬於以色列人了（2-3節）。迦勒底人對留在故土的猶大人監控得十分嚴密，甚至生活最基本的用品如飲用水、燒火的材，都必須要購買（4節）。
敵人仍然緊跟在我們的腳步後，窮追不捨，我們勞勞碌碌，得不到歇息（5節）。迫使剩下的餘民為了食物苟延殘喘地活著，甚至流離失所，逃竄至埃及或是亞述地避難（6節）。
這是因為我們的歷代祖先犯罪得罪神，我們這世代承擔了罪的結果（7節）。原先做我們奴隸的迦南地以東人和亞捫人，成為我們的統治者，沒有人搶救我們脫離他們的手（8節）。

• 「奴僕轄制我們」：『奴僕』指奉巴比倫分派，統治猶大省的各級官員。他們之中有許多是迦南地以東人和亞捫人等，原屬為奴的身分(參創九26；尼二10)。
  還有沙漠中的阿拉伯土匪神出鬼沒，威脅我們生存的空間，我們必須冒著生命危險，才能從田野得到食物（9節）。我們常常飢餓缺乏，再加上天氣悶熱，如此內外煎熬，令人難當（10節）。
• 「曠野的刀劍」（9節）: 指沙漠中的阿拉土匪。

婦女無分老幼，在本國的大街小巷，被敵人任意姦污（11節）。他們動手處死首領之後，將屍首掛起來示眾；受尊敬的老年人也被當眾羞辱（12節）；少年人推磨、孩童背木柴，都被強迫作屬於奴隸的粗活（13節）。
如今整個生活秩序都瓦解了。城門口見不到悠哉的老年人；青年人也失去朝氣，無心歡樂（14節）。我們心中該有的喜樂被憂愁取代了，所有應該歡樂的時候盡都變為哀愁（15節）。
以色列人失去榮耀和尊嚴，被外邦人任意踐踏，都因我們得罪神，才招致可悲的禍患（16節）。為這緣故，我們的心情沉重，前途茫茫，惶恐不安（17節）。昔日繁華的聖城，如今變成一片荒涼，成了豺狼和野狗聚集的地方（18節）。

• 「冠冕從我們的頭上落下」（16節）: 意謂以色列人失去尊嚴。

2.復興的祈求（19-22節）

然而，地上的一切雖然改變，但是神卻永遠長存，絲毫不變。地上的強權雖然此消彼長，不停地變遷，但是神的王權代代長存，祂一直坐著為王（19節）。
神的永恆不變是先知向神呼求，以及對未來盼望的基礎。就算神的孩子曾經悖逆且拜偶像，只要他們願意回轉歸向神，必蒙神赦免施恩。因為我們縱然失信，祂仍是可信的（提後二13）。
「你為何永遠忘記我們？為何許久離棄我們？」（20節）
先知所提出的不是懷疑，而是懇求。意思是難道神會永遠忘記我們嗎？會許久離棄我們嗎？答案是否定的！懇求神使我們恢復原狀，使我們未來的日子好像過去一樣美好（21節）。
最後，先知說:你若不全然棄絕我們，不震怒我們到極點、就好了（22節）！
猶太人自古在會堂公開誦讀耶利米哀歌時，習慣上讀完五章22節之後，必回頭重讀五章21節作為全詩的結束。所以，禱告的結束如下:

「你竟全然棄絕我們，向我們大發烈怒。」（22節）
「耶和華啊，求你使我們向你回轉，我們便得回轉；求你復新我們的日子，像古時一樣。」（21節）

這是作者信心的祈求。雖然眼前滿佈瘡痍，但當仰望神時，他肯定神仍作王，祂的寶座永遠長存。這信心帶給人民極大盼望，所以他們祈求神使他們的日子「復新」，回復昔日蒙福的光景。

耶利米哀歌結束。