壤外大功初成，內亂卻繼之而起。起因是以法蓮人向耶弗他抗議，沒有徵招他們一同前去與亞捫人爭戰。沒想到這次的爭端卻引起軒然大波，終至血流成河。

在以笏的時代，以法蓮支派曾經立下戰功（三28-30），這個光環使他們久久難以忘懷。
在基甸的時候，以法蓮支派在基甸打敗米甸人後眼紅，因自己未受邀參戰而爭吵（八1）。現在的以法蓮再次因為耶弗他在與亞捫人爭戰，沒有徵招他們同去而爭吵起來。
從這些爭吵，可以看到以色列支派的聯盟是非常鬆散的。以法蓮、瑪拿西和猶大三大支派因著人多勢眾，常要爭坐老大的位置。誰是老大當然也跟敬拜中心（會幕）的位置有關聯。
聖壇初設在吉甲，後搬遷至示劍（書二十四），然後是伯特利（士二十：26-28），最後落腳在示羅（士二十一12）。示羅是在以法蓮的中心地點，怪不得他們耍大牌，每次都埋怨士師不徵招他們參戰。

「以法蓮人聚集，到了北方，對耶弗他說：你去與亞捫人爭戰，為什麼沒有招我們同去呢？我們必用火燒你和你的房屋。」（1節）
以法蓮人在基甸時代（約一百年前），曾有過一次類似的抗議，當時基甸用智慧的言詞化解（八1-3）。不過，不同的是當時以法蓮人雖然抗議、爭吵，卻不傷人；這次卻傷到了耶弗他的痛處。
耶弗他先是氣沖沖地抱怨回應: 「我和我的民與亞捫人大大爭戰；我招你們來，你們竟沒有來救我脫離他們的手。我見你們不來救我，我就拼命前去攻擊亞捫人，耶和華將他們交在我手中。你們今日為什麼上我這裡來攻打我呢？」（2-3節）
這段話是澄清他的確有徵招精兵出征，只是以法蓮人沒有回應；而他所帶領的基列軍隊是「冒死」作戰。他指出取勝的原因是神的幫助，這與以法蓮人不勞而獲的態度，形成鮮明對比。

• 『我就拚命前去』（3節）:直譯為：『我把我的命拿在手裏』。

只是單單這樣的爭吵，似乎不足以大動干戈變成大規模的內戰。主要原因是一句話: 「我們必用火燒你和你的房屋。」
這句話之所以刺痛他的心，因為他剛剛才將獨生女兒獻上當作燔祭，痛苦異常，他覺得已經為百姓做了最大的犧牲。以法蓮人卻在傷口上撒鹽，揚言要用火燒他和他的房屋，言下之意，充滿挑釁。似乎認為他自作自受，罪有應得。
所以他嗆聲回答:你們今日為什麼上我這裡來「攻打」我呢？ 越吵越兇，吵到最後，甚至為了傷人口不擇言，戰爭已經無可避免:「於是耶弗他招聚基列人，與以法蓮人爭戰。

基列人擊殺以法蓮人，是因他們說：你們基列人在以法蓮、瑪拿西中間，不過是以法蓮逃亡的人。」（4節）這裡看見為了誹謗基列人，以法蓮人任意使用鄙夷的口氣，羞辱耶弗他和基列百姓。這好像在基列人的火上加油，因為:

(1）基列人是瑪拿西支派的一個分支，是基列的後裔(民二十六29）。
(2）他們不是從以法蓮支派逃亡的人。

前面已經記載，耶弗他並不輕易挑起戰爭，曾試圖跟亞捫王做了深度的外交談判，據理力爭，是為了避免戰爭。現在他卻不再忍讓，寧可槍口對內，可見受傷之深。
以法蓮人誤判形勢，口不擇言，加上耶弗他「妓女之子」（十一1）、被兄弟及族人「恨惡、趕逐」（十一7）的背景，本就自我形象不佳，因此雪上加霜。可謂冰凍三尺，非一夜之寒。
基列人和以法蓮人都是以色列人，刀口向內，同室操戈，兄弟相殘，實在可悲！人與人之間的仇恨結怨，許多時都因自己的驕傲自大，言語不檢點而起。求主幫助我們做「和平之子」，做一個使人和睦的人。

剛剛打敗亞捫的基列人士氣如虹，一下子就把虛張聲勢的以法蓮人打敗了，逼得以法蓮人到處逃竄。基列人把守約旦河的渡口，不容以法蓮人過去（5節）。他們用口音分辨，只要是以法蓮人就格殺勿論。
那時以法蓮人被殺的，有四萬二千人（6節）。民數記記載的第一次人口調查，以法蓮支派的男丁是四萬零五百名(民一33）；第二次人口調查，減少到三萬二千五百名(民二十六37）。看來，當時死去的人幾乎是以法蓮全部男丁。

• 　「示播列」（6節）:「河水氾濫」之意。由於以法蓮人口音不正而露出真正身分。使徒彼得也曾因口音不同而給人認出來（太二十六73）。

以法蓮遭逢巨變，從此一蹶不振。後來以色列選立君王，以地理位置及勢力，應出自以法蓮，但最後只能選出支派中位分最小的便雅憫的掃羅。
耶弗他做以色列士師僅六年（7節），不像其他的士師帶來太平，聖經沒有記載帶來和平的年數。接著記載三位小士師比讚、以倫、押頓，已經在前文做了解釋。